Stowarzyszenie Misji Afrykańskich jest instytutem na prawie papieskim i podlega bezpośrednio Kongregacji do spraw Ewangelizacji Narodów.
W celu dobrej koordynacji działalności misyjnej, animacyjnej i powołaniowej, jest ono zorganizowane w:
- Generalat - władza naczelna z siedzibą w Rzymie, która koordynuje działalność całego Instytutu.
- Prowincje - organizacje terytorialne Instytutu w krajach, z których pochodzą członkowie SMA, odpowiedzialne za animację misyjną i powołaniową, formację, pomoc misjonarzom SMA pracującym w Afryce oraz za podtrzymanie więzi z Kościołem lokalnym. Prowincja jest w pełni niezależna finansowo i kadrowo.
- Dystrykty - organizacje terytorialne Instytutu o tym samym charakterze co Prowincje, ale nie w pełni samodzielne kadrowo.
- Delegatury - organizacje terytorialne Instytutu zależne w sposób bezpośredni od Przełożonego Generalnego i jego Rady.
