Po swoim powrocie z misji w Indiach (1854) ks. bp Melchior de Marion-Brésillac (1813-1859) poprosił Stolicę Apostolską o pozwolenie na udanie się z kilkoma towarzyszami do najbardziej opuszczonych rejonów Afryki, aby tam głosić Chrystusa. Ta prośba spotkała się z aprobatą władz kościelnych.
8 grudnia 1856r., wraz z sześcioma współbraćmi, ks. biskup poświęcił nowopowstałe Stowarzyszenie Misji Afrykańskich Matce Bożej z Fourvière w Lyonie. W 1858r. Stolica Apostolska powierzyła nowopowstałemu zgromadzeniu misję w Sierra Leone, gdzie udało się wkrótce trzech pierwszych misjonarzy pod przewodnictwem ks. Reymond.
Śmierć Założyciela i kontynuacja Misji
Rok później, ks. bp M. de Marion-Brésillac przekazał ks. Augustin Planque (1826-1907) kierownictwo Stowarzyszenia w Europie i dołączył, wraz z dwoma współbraćmi, do misjonarzy będących już w Sierra Leone. Niestety, w miesiąc po jego przybyciu epidemia żółtej febry przyniosła śmierć wszystkim misjonarzom.
Pomimo tragicznego zakończenia pierwszej wyprawy misyjnej i śmierci Założyciela, ks. Planque wraz z pozostałymi przy życiu dwoma członkami Stowarzyszenia postanowił kontynuować rozpoczęte dzieło.
W 1861r. trzech nowych misjonarzy na czele z ks. Francesco Borghero (1830-1892), prawdziwym Franciszkiem Ksawerym Afryki Zachodniej, wyruszyło do Królestwa Dahomeju (dzisiejszego Beninu). Nowo nakreślony plan zakładał poznanie ludności: ich języka, tradycji oraz zwyczajów. Przy każdej misji miała powstać szkoła i mały ośrodek zdrowia. Szczególny nacisk położony był na kształcenie katechetów oraz na budzenie powołań kapłańskich.
Z powodu zabójczego klimatu i ciężkich warunków pracy, przez pierwszych 65 lat istnienia zgromadzenia w samej Afryce Zachodniej zmarło 283 misjonarzy SMA. W latach 1860-1880 przeciętna życia misjonarza wynosiła 3 lata. Z czasem, dzięki postępom medycyny, długość życia w Afryce wydłużyła się i wzrosła również efektywność pracy misjonarzy.
Rozwój Stowarzyszenia
Wobec dużego rozwoju Stowarzyszenia Stolica Apostolska powierzała Stowarzyszeniu Misji Afrykańskich wciąż nowe misje w Afryce.
- W 1876r. ks. Augustin Planque założył żeńską gałąź Stowarzyszenia, misjonarki NMP Królowej Apostołów (NDA / OLA), do misji wśród Afrykanek.
- W 1906r. Stowarzyszenie otworzyło swoją pierwszą misję poza Afryką, wśród ludności pochodzenia afrykańskiego w Stanach Zjednoczonych.
- W 1912, ze względu na wzrastającą szybko międzynarodowość i liczebność misjonarzy, zaczęły wyodrębniać się pierwsze prowincje SMA.
- W 1922r. ks. Jean Marie Chabert, generał SMA, poparł powstanie nowego zgromadzenia żeńskiego, Misjonarek Katechetek Najświętszego Serca Jezusowego (MCSC), dla misji SMA w Ghanie i Togo.
- W 1937r. Dom Generalny SMA został przeniesiony z Lyonu do Rzymu.
W szczytowym okresie swego rozwoju (1962-1967) Stowarzyszenie Misji Afrykańskich liczyło ponad 1800 członków, z których około 1000 pracowało stale na misji w Afryce.
Czas Kościoła lokalnego
Po 100 latach ciężkiej pracy misyjnej spełnia się marzenie Założyciela i Stowarzyszenie przekazuje stopniowo misję w coraz to nowych rejonach miejscowemu duchowieństwu z własną afrykańską hierarchią.
Około 1960r. większość stolic biskupich w Afryce Zachodniej przeszła w ręce miejscowych biskupów. Na przykład w 1961r. został arcybiskupem Cotonou (w Beninie) jeden z wychowanków księży SMA J.E. ks. bp Bernardin Gantin, przyszły przewodniczący Kolegium Kardynalskiego za pontyfikatu Jana Pawła II.
Nowi misjonarze
W końcu nadchodzi rok 1983, w którym to Zgromadzenie Generalne SMA decyduje, że wobec rozwoju Kościoła afrykańskiego, nadszedł czas, aby Afrykańczycy mogli zostać również misjonarzami w ramach Stowarzyszenia Misji Afrykańskich. Jest to wielki przełom, gdyż do tej pory, wierni założeniom Założyciela, misjonarze SMA nie przyjmowali młodych Afrykańczyków do swoich szeregów, promując przede wszystkim rozwój duchowieństwa diecezjalnego i miejscowych zgromadzeń.
